KEGG Pathway分析
KEGG网站（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因与基因组百科全书）是一套关于基因组、酶促途径以及生物化学物质的在线数据库。它免费提供了基因数据库、通路数据库、配体化学反应数据库、序列相似性数据库（SSDB） 、基因表数据库、蛋白分子相互关系数据库（BRITE） ，并且开发网页和编程的接口。有很多研究者采用 KEGG的数据或工具进行通路的分析。 KEGG Pathway 分析可以根据输入数据不同采用两种不同的方法进行分析，如果SWISSRPOT 或者 GeneID 列表可以通数据库号转换并对应的方式对应到通路，若来自Genbank 的序列可以通过相似性注释的方式对应到 KEGG Pathway。
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Pathway ID |
Description |
Test |
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00010 |
Glycolysis / Gluconeogenesis |
13 |
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00020 |
Citrate cycle (TCA cycle) |
9 |
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00051 |
Fructose and mannose metabolism |
8 |
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00190 |
Oxidative phosphorylation |
12 |
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00230 |
Purine metabolism |
7 |
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00240 |
Pyrimidine metabolism |
9 |
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00271 |
Methionine metabolism |
6 |
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KEGG通路显著性分析
与参照数据集比较，计算Z-score和P value,寻找显著性富集的通路。
