ProtTech 开发了专有软件能自动检索多种PTMs，基于这个技术平台，我们提供全面的PTM分析服务。

     1：能够检索30多种已知的PTMs，也可以根据客户需要来分析其他分子量变化小于400D 的修饰。

     2：可以根据修饰和未修饰肽段的EIC数据进行蛋白修饰定量分析。

     3：通过多种酶酶解，能够得到100%的蛋白氨基酸序列，检测低至0.1%PTMs 。

样品要求：

1：蛋白纯度80%以上，蛋白量10ug 以上。

2：接受溶液样品，考染或者荧光染色胶带样品，跑胶前需要做Reduction/Alkylation处理。

3：根据蛋白序列选择合适的酶，客户需提供蛋白理论序列。

流程：

1：酶解

     1）每个蛋白一般需要两个酶解反应，trypsin 是首选，基本可以得到60-80%的序列。

     2）根据尚未覆盖的序列和酶的活性来选择第二种酶，例如： Glu-C 在溶液中比胶带中活性高。

          很多情况下，chymotrypsin是比较好的选择，但由于它的非特异性，数据分析比较复杂。

2：NanoLC-MS/MS，

     酶解后的肽段经过NanoLC-MS/MS检测，该系统能灵敏检测低丰度的蛋白，得到较高的肽段覆盖率。

3：生物信息学分析

     每一个ms/ms数据，软件能够检索所有可能的PTMs，包括磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化等。由于质谱仪的测量范围，我们检测的PTMs分子量小于400D。软件算法也应用于去除假阳性结果。

4：验证

    对每一个检测出来的PTM进行人工验证和质谱核对。

5：定量

    我们通过修饰和未修饰的肽段的EIC来计算PTM的比率。如果某个PTM会显著改变肽段的离子化程度，我们会对其使用校正因子。

6：报告

    我们会在报告中提供修饰位点，结构和修饰比率。